Gaussian09  Kullanım alanları: Kuantum mekaniksel hesaplamalar (QM), kuantum mekanik/moleküler mekanik karma yöntemler (QM/MM)

Amber11 Kullanım alanı: Moleküler dinamik simülasyonları

Pymol  Kullanım alanı: Protein yapılarını görüntüleme

Molden Kullanım alanı: Görüntüleme

Spartan 02 ve Spartan 06  Kullanım alanı: Kuantum mekaniksel hesaplamalar

Hyperchem7 ve Hyperchem8 Kullanım alanı: Kuantum mekaniksel hesaplamalar, moleküler mekanik hesaplamaları

CHARMm 31b1 ve CHARMm 32b1 Kullanım alanı: Moleküler dinamik simülasyonları

Insight II Kullanım alanı: Moleküler dinamik simülasyonları